geoss01（京大防災研水資源研究センターのPCクラスター）でCReSiBUCの並列版を動かす

基本的に，cresibuc_m.exeを動かすために必要なファイルが
/home/userの下に実体として（リンクでなく）ある必要があります．
また，並列計算の管理にPBSを使用できるので，
mpirunで直接jobを投げるのではなく，
できるだけqsub等PBSのコマンドを使うようにしたほうがよいです．

~/CReSiBUCver1.3をそのままコピーする方法もありますが，
大型計算機センターへの適用を頭において，
必要最小限のファイルだけをコピーするようにします．




1.
geoss01にログインして
$unlimit
	これをしておかないと，
	surface4urbでメモリが足りなくなります．

2.
$cd ~/CReSiBUCver1.3/src_2.2m
$	csh ./compile4ifort.csh terrain4cresibuc
$	csh ./compile4ifort.csh surface4urb (or surface4lnd)
$	csh ./compile4ifort.csh surface4sfc
$	csh ./compile4ifort.csh gridata_msm
$	csh ./compile4ifort.csh gridata_crs


3．
$cd ~/CReSiBUCver1.3/script

cress2.2mMSMkanto2.plを編集して
（$SOLV,$UNITをxにして，実行されないようにしておく）

$perl ./cress2.2mMSMkanto2.pl 

これでcresibuc_mの実行に必要なデータが~/CReSiBUCver1.3/WORKDIRに作成される

4.
pbsexe.cshを編集
WORKDIRはcress2.2mMSMkanto2.plで指定した$wrkpathと同じにする
WORKDIR2はコピー先（/homeの下にすること）
CPUNUMSは使用するCPU数（user.conf，cress2.2mMSMkanto2.plのrunoptと一致するよう）

$csh pbsexe.csh

これで/home/の下に~/CReSiBUCver1.3/WORKDIR，
~/CReSiBUCver1.3/src_2.2m, ~/CReSiBUCver1.3/bin等がコピーされ，
cresibuc_mがコンパイルされ，
jobj.shに書かれたジョブがPBSにsubmitされる．

5.
終わるまでまつ．

$qstat (-a, -n)
でジョブの状況を確認できます．

また，
$qdel ????
(????はqstatで表示されるjob id)
でジョブを強制終了できます．

6. 
終わったら
~/CReSiBUCver1.3/scriptの
getout.cshを編集
WORKDIRはcress2.2mMSMkanto2.plで指定した$wrkpathと同じにする
WORKDIR2はコピー元（/homeの下にすること）
基本的にpbsexe.cshと同じにすること
$csh getout.csh

モデルアウトプットを/home/user/CReSiBUCver1.3/WORKDIRから
~/CReSiBUCver1.3/WORKDIRへコピーし，
unite4cresibucをコンパイルし，実行する．


文責：相馬